Setelah Peraturan Pemerintah Nomor 18 tahun 2016 tentang Perangkat Daerah, Pemerintah Kota Bitung membentuk 6 Badan yang mengelola pelayanan kepada masyarakat
BADAN PERENCANAAN DAERAH
BADAN PENGELOLA KEUANGAN DAN ASET DAERAH
BADAN KEPEGAWAIAN, PENDIDIKAN DAN PELATIHAN DAERAH
BADAN PENGELOLA PAJAK DAN RETRIBUSI DAERAH
BADAN PENANGGULANGAN BENCANA DAERAH
BADAN KESATUAN BANGSA DAN POLITIK